Puriney's Notes

以前转贴过很多关于microRNA方面的数据库以及工具，个人一直没有机会深入使用 [1]。最近有机会摆弄一些数据，内容之一就是预测microRNA与其target相互作用。

这里我只打算介绍PITA [2] 与RNAhybrid [3] 这些本地化可以使用的工具，纯粹从序列方面用计算机程序来预测。另外介绍一下ΔG和ΔΔG这两个在miRNA-mRNA预测过程中必须了解的概念。

本文为超级入门指南。

不过事先，友情声明，没有实验验证的任何信息分析，都是扯淡。

开始之前，请清楚我分析流程：

基于待研究的、你感兴趣的mRNA（或者UTR），翻阅所有（当然也可以指定部分）microRNA，找到可能与mRNA存在相互作用的microRNA。

这个过程很类似在你送发引物序列合成之前，用着RNAhybrid测试你用于基因沉默的miRNA是否靠谱。

======PITA=====

PITA的基本参数[4]大概是这样子的：

ΔΔG 小于或等于 -10 kcal/molSeed区域长度为 7-8 nt不允许 G:U配对

PITA的帮助文档如下，其中值得你关注的点我注释了出来：

syntax: pita_prediction.pl [OPTIONS]

Execute the PITA algorithm for identifying and scoring microRNA target sites.

options:

物理界大神们决战量子之巅

今年高考考生请注意，这是又一个苏轼被贬、司马迁被阉、越王勾践卧薪尝胆类型的语文写作素材！贴近时事，绝对有加分哟！

土鳖切尔西10人客场华丽平宇宙巴萨

赞！

http://www.biostars.org/post/show/42685/predict-potential-microrna-interaction-for-given-mrna-of-mitochondrial/#42688

===背景===

在我玩linux玩ubuntu玩编程的路上，一路摸爬滚打，虽然远不能在计算机/编程独挡一面，但至少对windows没有了任何好感，这都得益于不少经典且引人深思的各类独立博主们。

于是我一直疑惑为什么没有什么科学家喜欢写blog？为什么科学（至少生命科学）不能像IT那样有经典、有意思、有想法、够专业的blog？为什么即使是安装一个circos出现了一个错误提示，google一把都会有大把博客告诉你解决方案，但是你google一把exon/intron，你只能看维基百科？

===有这样的解释===

后来在2011年7月看见一个叫做Paul Knoepfler的科学家【2】在Nature上杂谈了一把 ——My year as a stem-cell blogger【1】，稍微分析了产生这种现象的心理，“ Other scientists in academia tell me they worry that blogging would damage their careers. Specifically, they fear that colleagues would view them as amateurs, 'wasting time' on blogging, which could reduce their chances of achieving tenure. ” 怕被说写博客是不务正业、业余麼？或者万一blog写错了就会被嘲笑麼？

===我的补充===

最

此刻我的TIMER正在倒计时，等待着下一个实验。翻开google reader，嗯，又有不少好玩的消息从那里，传来。想起师兄经常发出的抱怨，google搜索又崩溃了。我心理灰暗起来，都因为这堵墙。

仿佛，穿墙成为了科研工作者的生存必须技能。

那边超多超好的资源不言而喻，researchgate，或者mendeley SNS，或者linkedin都可以是国内访问。但显然是使用习惯的关系，国外的众亲们更加偏好FB或者twitter来起到消息传播的效果。当然google group的两种效果都非常好，无奈这明显是被坚决隔离在墙外。

要说其实也不能埋怨FB和twitter会被隔离，只是因为它们真的是非常好的消息管道，更重要的是，同时，那些有碍于社会主义美好的事物也是这么想的。另外，举个例子，如果你作为一名科学工作者，没有听说过researchgate甚至都没有去注册一个，那，就更不能埋怨什么了。

twitter不像国内山寨weibo那样，因为没有评论而只有RT功能，所以噪音非常少。follow我感兴趣的twitter，就活脱脱地订阅了一本自己感兴趣的杂志。而facebook则依托于人际关系，本着互惠原则更加方便的彼此联系。加上神器google reader订阅一些有趣的独立博客，整个属于自己的消息来源，就优雅地建立起来了。

反观国内各类山寨，weibo的娱乐气氛简直浓厚到一种脑残，人人我就不说什么了。而保持独立人格的饭否，貌似却围聚着不少愤青。所以曾经我的同事在豆瓣上招到了靠谱的新同事，真的是既无奈又明智。