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Puriney's Notes

Puriney=purine+Y, my Wonderland

 
 
 

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【geneious教程】如何自定义PCR引物位置  

2011-11-28 19:23:46|  分类: UBUNTU |  标签: |举报 |字号 订阅

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Geneious在“Primer”工具栏里可以自动帮助设计PCR primer,但是有的时候,自己已经设计好了,想要自己定位PCR引物位置又该如何?
很简单,有图有真相:

1. 以从Lablife.org那里download来的pEFP-C1.gb为实例,打开界面如下:
【geneious】如何自定义PCR引物位置 - Puriney - Purineys Notes

2. 自己设定某段区域为你的primer,单击Annotation按钮。对其进行命名和种类划分。命名我这里以命名Forward Primer为例,选择类别时则在下拉菜单里选择primer_binding。
 
【geneious】如何自定义PCR引物位置 - Puriney - Purineys Notes

3. 效果如下,会在右侧的状态栏里看见多出了primer(1)。表示已经有一个primer记录在案。默认状态下正向引物为深绿色、反向引物为浅绿色。 
【geneious】如何自定义PCR引物位置 - Puriney - Purineys Notes

4. 对于反向引物,则按照正向引物一样操作。效果图如下,现实的是reverse_primer。以淡绿色显示。 
【geneious】如何自定义PCR引物位置 - Puriney - Purineys Notes


5. 重点来了,配对引物。双击已经被注释好的Forward Primer,出现如下属性菜单。

在Propeties里点击Add,在Name里输入“annotation_group”(实际输入时去除引号) ,Value填“1”。同样操作,对于reverse primer同样操作即可。那么这一对引物就可以配对了,可以进行PCR extraction操作。

实际上,也许同时有很多对primer同时存在,那么只要将配对的value值相应填好即可。如第二对引物则在value处都填“2”,第三对就都填“3”,以此类推。
【geneious】如何自定义PCR引物位置 - Puriney - Purineys Notes
 
 
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Geneious属于跨平台软件,vector NTI是windows以及MAC下可用,MAC自己有专属的MACvector可用。所以找到一个在linux下用的开心的软件,并不容易。唉……
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