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Puriney's Notes

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【bio】还原德国E.coli疫情真相  

2011-06-04 17:23:03|  分类: Bio |  标签: |举报 |字号 订阅

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【bio】还原德国E.coli疫情真相 - 飘零迷丁儿 - 吾本罪人
 涂布划线分离单菌落

本人想写此篇日志的原因在于看了这篇报导:

虐歐美13國惡菌 與愛滋腸毒同源
時間:2011-06-03 15:19:55  來源: 文匯報
肆虐歐洲的腸出血性大腸桿菌(EHEC)疫情持續蔓延,更有向全球擴散跡象。世界衛生組織(WHO)表示,美 國與捷克也相繼傳出確診病例,現時疫情已蔓延至13個國家。中國深圳華大基因研究院和德國一家大學昨日宣佈,中德科學家聯合對本次流行的病菌進行了全基因 組測序,結果顯示,該病菌與艾滋病患者腹瀉標本中的大腸桿菌同源性超過93%,兼具侵襲、產毒、抗藥等多種「兇性」,難以治療,死亡率偏高。

p.s.华大有实时更新公告【2】,中文网页暂时没有看见93%这一说。


本人不禁想喷:你们这些记者呀!TOO SIMPLE!SOMETIMES NAIVE!
你们这些记者是多么喜欢玩标题党呀!多么喜欢升华与噱头呀!有意思么?!有意思么?!


关于我高亮的这句话,有2点想喷的地方:

第一,即使是和艾滋病腹泻标本中的大肠杆菌E.coli同源超过93%,从科学角度那又能说明什么呢?

最多说明他们很相似而已!除了很相似,就只能说它们很相似而已。事实上,它们相似,是多么正常的一件事情呀!

殊不知我们人体内被称作第二基因组的肠道基因组(即元基因组【1】),在人肠道內与人共生有很多微生物,这些微生物和我们的关系甚至可以类似与“根瘤菌和豆科植物”的共生关系。而且最近研究甚至提出了人类除了血型,还可以有三种菌型的研究【3】。人与人之间腹腔內菌落相似,其实是很正常的事情。另外,从病情来看,此次德国疫情的E.coli可以引起出血性腹泻,根据TIME报导【4】里的(a)和(b),确实此次疫情的E.coli跟这么个玩意EAEC 55989菌株有93%的同源相似性。而这种菌落能够引起痢疾(腹泻)即截图中的(c)。所以患者一定程度上病情是相似的,那么菌株一定程度上相似又有何不可?
【bio】还原德国E.coli疫情真相 - 飘零迷丁儿 - 吾本罪人
 
此次E.coli本质而言也是出血性大肠杆菌的一种吧(具体讨论定义无意义),无外乎就是携带有Stx2基因,而此基因可以编码志贺毒素,引发出血性腹泻等其他病症。但是此E.coli为何如此给力,是因为它有超过8种的抗性基因。造成这种的原因推测是基因水平转移,如截图的(d)。毕竟一个大肠杆菌再如何基因突变,最多也只能是在自己原有的基因组里突变而已,最多也就是自己的低表达的抗氨苄基因不小心突变为可以高表达,于是更能抵抗氨苄抗生素。

所谓基因水平转移 ,通俗地来说,就是吃了外来的基因,融为己有并稳定表达。自己本来没有四环素抗性基因,于是吃了个抗四环素的基因,就能稳定表达于是获得了抗四环素的能力。

所以:同源性存在,是正常的事情。同源性比对,可以提供一个已有的案例,来辅佐证明此次疫情E.coli致病的机制。仅次而已

第二,我想喷的地方,就是文汇报记者为何要引用“艾滋病”这个信息?!乃们这些记者是何用意?!

有93%同源相似度的菌株,还真亲娘的确实是从HIV-阳性患者那里提取的。见数据库【5】截图:
【bio】还原德国E.coli疫情真相 - 飘零迷丁儿 - 吾本罪人
此菌株确实是2002年在一个HIV-阳性患者里获取的,而此患者换有严重的腹泻。从上下文语境来看,这个菌株是痢疾的致病原因,巧合的是只是来源是一名HIV-阳性患者而已。重点是前者、而不是后者(HIV-阳性)。

文汇报记者消息里的“艾滋病”一说确实是有根据的,此话不假。但是同样一句话,仔细看看人家TIME是如何科学报导的【4】!
【bio】还原德国E.coli疫情真相 - 飘零迷丁儿 - 吾本罪人
TIME编者不会知道这93%同源的玩意是从HIV-阳性患者那里获得的?!显然知道!!!但是人家就是很科学的撇开无关信息,还原给大众真正有效的科学信息。 “known to cause serious diarrhea”无疑是扇了文汇报编者一记“无知”的耳光。

此次E.coli与艾滋患者肠道菌株同源,客观而言是如此,但是如此盲目地报导,是不是不小心引发公众无关的遐想?!是否会增加公众的惶恐?!是否是唯恐天下不乱的报导?!背后的阴差阳错、里面的无关信息,在报导时的有没有追究其真正的科学性?!文汇报记者也许做了不少功课,找到了此同源菌株和艾滋病之间的千丝万缕的信息,但是这个信息是科学还是噱头?是重点还是旁枝?记者们是不是要好好扪心自问?!

猛然想起6月3日有一个事件:联合国艾滋病规划署3日在纽约联合国总部发布的一份报告说,全球抗艾工作在过去30年取得了显著成果【6】.所以文汇报记者此次报导:纯属噱头!既有德国疫情又有艾滋,两个高关键词!


关于此次德国疫情,说点好玩的事情吧。
【bio】还原德国E.coli疫情真相 - 飘零迷丁儿 - 吾本罪人德国把黄瓜误作为E.coli的传染载体。德国从西班牙进口的大量黄瓜就如此被禁止引入了。西班牙黄瓜表示躺着也中枪了[7].
















参考:

[2]华大官方实时更新通告 http://www.genomics.cn/news_show.php?type=show&id=1260

[3]除了血型,人類有三種「菌型」 http://pansci.tw/archives/2993

[4]Why Health Authorities Are So Worried About Europe's Mutant E. Coli Outbreak 
[5]HAMAP: Escherichia coli (strain 55989 / EAEC) complete proteome
[6]联合国发布报告称全球30年抗艾工作取得显著成果http://news.xinhuanet.com/world/2011-06/04/c_121494583.htm
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