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Puriney's Notes

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【ubuntu】生物绘图程序circos安装指南  

2011-09-22 18:59:25|  分类: UBUNTU |  标签: |举报 |字号 订阅

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【[ubuntu】生物绘图程序circos安装指南 - Puriney - Puriney的笔记簿
想必生物工作者一定看过这张图。环形地图来反应染色体之间的重组等你侬我侬的纠结关系。相对于线性地图,circos图非常漂亮。这种图是由名字叫做circos的程序绘制出来的。(之所以不想称之为软件是因为它没有图形化界面)

今日在微博上被人问起在windows下如何安装circos,我说了很多,也不知道伦家最后安装成功了没有,所以还是想总结一下安装方法。遇到的问题主要来自于电脑没有满足circos运行对perl各种module的依赖关系。

windows下的安装,我google了一下“安装circos”就发现原来5月份有人写了这么个日志,如果你是windows用户,不妨进入此文。【1】

不知道广大linux(ubuntu)用户,在安装上是不是也会有这样或者那样的问题。所以还是写出来。而且自认为我写的这些应该会有帮助。

【circos包下载】
请自行到官网下载circos程序安装包:http://circos.ca/software/download/circos/

【circos需要的module】
circos很大程度是基于perl的一个程序,所以对一些perl的module有依赖关系。因此用户电脑需要事先安装有perl以及相应perl的module。

circos需要哪些module呢?在下载并解压的circos文件夹里,bin文件夹下有名字为list.modules的程序。运行之,就可以得知circos需要哪些perl的module。如下图:
【[ubuntu】生物绘图程序circos安装指南 - Puriney - Puriney的笔记簿
 

当然用户更关心的是,我电脑里已经有了多少module?同样在bin下,有名字为test.modules的程序。运行之,就可以知道自己的电脑里已经安装了哪些。如下图。全部都是OK,说明需要的perl的module都安装好了。
【[ubuntu】生物绘图程序circos安装指南 - Puriney - Puriney的笔记簿
 

对于缺失的perl的module该如何安装呢?
很简单,perl安装module只要输入命令即可,随后就在这个界面里输入 install <缺少的module名字>。如下图。
perl -MCPAN -e shell
【[ubuntu】生物绘图程序circos安装指南 - Puriney - Puriney的笔记簿
 
--到此,circos就可以运行啦。最后提示circos是没有图形化界面的,纯命令行。

--
end&&reference
[1] 系统生物学里一个画图工具Circos-简介及安装入门教程  http://blog.163.com/luyiming_1986@126/blog/static/151141532201141672945350/
[2]bio】perl--安装模块【转】


 
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