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Puriney's Notes

Puriney=purine+Y, my Wonderland

 
 
 

日志

 
 

【bio】CLIP-seq一二事  

2011-10-20 00:34:57|  分类: Bio |  标签: |举报 |字号 订阅

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明天fu就要回国鸟,今晚整理一下实验室经典文献,觉得还是有必要随意写点CLIP-seq。一张图说明一切:
【bio】CLIP-seq一二事 - Puriney - Puriney的记事簿
 
首先,CLIP找某些splicing protein蛋白的结合序列;
然后,CLIP抓取到的序列初步mapping,定位;
同时,根据基因组database序列,设计引物,通过RT-PCR找抓取序列附近的exon、intron的情形;
第三,通过RT-PCR的结果,与基因组database比对确认inclusion或者skipping情况;
最后,根据这些inclusion或者skipping的结果,来看哪些exon存在或缺失了,而素材来自于某种cancer cell或者其他(比如fox),于是这样就可以把这些结果上升到生命科学层次

【bio】CLIP-seq一二事 - Puriney - Puriney的记事簿
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