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Puriney's Notes

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【转】miRNA数据库  

2011-10-21 14:17:57|  分类: Bio |  标签: |举报 |字号 订阅

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以下是常用的microRNA靶标数据库和软件资源列表,希望对microRNA的研究者有所帮助。
原帖地址:http://bbs.bioon.net/bbs/thread-377290-1-1.html

    (1)    miRbase:众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接(如:PicTar)。 网址:
http://mirbase.org/index.shtml

    (2)    starBase:一个高通量实验数据CLIP-Seq(或称为HITS-CLIP)和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。网址:http://starbase.sysu.edu.cn/

    (3)    Tarbase:一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。网址:http://microrna.gr/tarbase/

    (4)    miRecords:一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。网址:http://mirecords.biolead.org/

    (5)    targetScan: 基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。网址http://www.targetscan.org/

    (6)    PicTar:基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因的软件,假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。该文章位列miRNA相关文章引用Top5。网址:http://pictar.mdc-berlin.de/

    (7)    PITA:基于靶位点的可接性(target-site accessibility)和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。网址:http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html

    (8)    RNA22:基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。网址:http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html

    (9)    miRanda和microRNA.org:是著名的Memorial Sloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。网址:<http://www.microrna.org/microrna/home.do>

    (10)    MicroCosm:EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。网址:<http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/>

    (11)    miRTarBase:整合实验证实的microRNA靶标的数据库。网址:<http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html>

    (12)    miRGator v2.0:整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。网址:<http://mirgator.kobic.re.kr:8080/MEXWebApp/>

    (13)    MiRNAMap:动物的microRNA基因及其靶标的数据库。网址:<http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/>

    (14)    miRDB: 动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。网址:<http://mirdb.org/miRDB/>

    (15)    RNAhybrid:一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标的软件。网址:<http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/>

    (16)    miRGen:microRNA基因和microRNA靶标数据库。网址:<http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html>

    (17)    Targetfinder: 使用基于植物的靶标罚分策略预测小RNA的靶标软件。网址:<http://jcclab.science.oregonstate.edu/node/view/56334>

    (18)    miRU, psRNATarget: 一个网页版的植物microRNA靶标预测工具。网址:<http://www.plantgrn.org/psRNATarget/>

    (19)    CleaveLand:一个基于mRNA降解组数据预测microRNA靶标的工具。网址:<https://homes.bio.psu.edu/people/faculty/Axtell/AxtellLab/Software.html>

    (20)    Target-align:一个就鉴定植物microRNA靶标的工具。网址:http://www.leonxie.com/targetAlign.php
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