注册 登录  
 加关注
   显示下一条  |  关闭
温馨提示!由于新浪微博认证机制调整,您的新浪微博帐号绑定已过期,请重新绑定!立即重新绑定新浪微博》  |  关闭

Puriney's Notes

Puriney=purine+Y, my Wonderland

 
 
 

日志

 
 

[Bio]CLIP-seq介绍  

2012-11-01 20:33:34|  分类: Bio |  标签: |举报 |字号 订阅

  下载LOFTER 我的照片书  |
这次用impress.js折腾了个幻灯片, 托管在了github上, 打算给明天上午上现代生物XX课时啰嗦. 主题是实验室的经典技术, CLIP-seq. 

CLIP, 本是生化实验, 可以用来精确发现RNA结合蛋白 (RBP) 的结合基序(RNA motif)[1]. 后来上了高通量测序仪, 就不一样了, 看到的数据是在全基因组水平. 对于研究的某一种RNA结合蛋白而言, 会获得更多信息[2]. 

CLIP, 大概是Chip的RNA版.  不过用的紫外交联 (UV crosslinking). 交联后RBP (比如Ago蛋白) 与RNA会有共价结合, 有直接地物理相互联系. 而Ago-miRNA-mRNA三聚体的X-ray晶体结构获得后, 所以暗示: 在拉扯Ago时, 同时拽下来的RNA里也许同时包含了miRNA以及其靶标的mRNA. 而后来的实验也确实可以全局地来看某些miRNA-mRNA的作用全貌[2]. 

幻灯片源代码地址: https://github.com/Puriney/clipseq

截图: 
[Bio]CLIP-seq介绍 - Puriney - Purineys Notes
 
 - - - 
end &&ref
  1. Robert B. Darnell, etc. CLIP identifies Nova-Regulated RNA networks in the brain. Science. 2003
  2. Robert B. Darnell, etc. Argonaute HITS-CLIP decodes miRNA-mRNA interaction maps
  评论这张
 
阅读(1167)| 评论(0)
推荐 转载

历史上的今天

在LOFTER的更多文章

评论

<#--最新日志,群博日志--> <#--推荐日志--> <#--引用记录--> <#--博主推荐--> <#--随机阅读--> <#--首页推荐--> <#--历史上的今天--> <#--被推荐日志--> <#--上一篇,下一篇--> <#-- 热度 --> <#-- 网易新闻广告 --> <#--右边模块结构--> <#--评论模块结构--> <#--引用模块结构--> <#--博主发起的投票-->
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

页脚

网易公司版权所有 ©1997-2017