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Puriney's Notes

Puriney=purine+Y, my Wonderland

 
 
 

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【bio】perl绘制venn图  

2012-02-15 16:38:54|  分类: Bio |  标签: |举报 |字号 订阅

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Venn图绘制起来,大神们用R或者matlab,我表示perl也可以绘制
使用到的是Venn::Chart这个包。如何安装perl的package可以参考【bio】perl-安装模块
用起来也是超简单(前提是数据结构你规划完整),范例代码如下:
#!/usr/bin/perl
  use warnings;
  use Carp;
  use strict;
  
  use Venn::Chart;
  
  # Create the Venn::Chart constructor
  my $venn_chart = Venn::Chart->new400400 ) or die("error : $!");
  
  # Set a title and a legend for our chart
  $venn_chart->set_options( -title => 'Venn diagram' );
  $venn_chart->set_legends( 'Team 1''Team 2''Team 3' );
  
  # 3 lists for the Venn diagram
  my @team1 = qw/abel edward momo albert jack julien chris/;
  my @team2 = qw/edward isabel antonio delta albert kevin jake/;
  my @team3 = qw/gerald jake kevin lucia john edward/;
  
  # Create a diagram with gd object
  my $gd_venn = $venn_chart->plot( \@team1, \@team2, \@team3 );
  
  # Create a Venn diagram image in png, gif and jpeg format
  open my $fh_venn, '>''VennChart.png' or die("Unable to create png file\n");
  binmode $fh_venn;
  print {$fh_venn} $gd_venn->png;
  close $fh_venn or die('Unable to close file');
  
  # Create an histogram image of Venn diagram (png, gif and jpeg format)
  my $gd_histogram = $venn_chart->plot_histogram;
  open my $fh_histo, '>''VennHistogram.png' or die("Unable to create png file\n");
  binmode $fh_histo;
  print {$fh_histo} $gd_histogram->png;
  close $fh_histo or die('Unable to close file');
  
  # Get data list for each intersection or unique region between the 3 lists
  my @ref_lists = $venn_chart->get_list_regions();
  my $list_number = 1;
  foreach my $ref_region ( @ref_lists ) {
    print "List $list_number : @{ $ref_region }\n";
    $list_number++;
  }


输出结果如下:
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