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Puriney's Notes

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【bio】从数据图形化视角介绍bio-perl类书籍  

2012-02-25 22:17:25|  分类: Bio |  标签: |举报 |字号 订阅

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【bio】从数据图形化视角介绍bio-perl类书籍 - Puriney - Purineys Notes
 
推荐几本perl语言在生物信息学方面应用书籍(不是专门扯bioperl)
  1. Beginning Perl for Bioinformatics http://book.douban.com/subject/2029729/
  2. Perl Programming for Biologists http://book.douban.com/subject/2029728/
  3. Bioinformatics Biocomputing and Perl http://book.douban.com/subject/2093600/
  4. Mastering Perl for Bioinformatics  http://book.douban.com/subject/2702410/
  5. Genomic Perl--Genomic Perl: From Bioinformatics Basics to Working Code http://book.douban.com/subject/2696464/
以上书籍你总能找得到下载link,自行google之。

要说这以上几本书怎么进阶,我想还是从数据图形化角度来稍微分享。不妨从数据图形化(data visualisation)这个话题来看这几本书之间的关系,以此来瞥见其他话题。

首先,前两本完全是超基础类书籍,不涉及到任何有价值的数据图形化应用介绍。第一本Beginning Perl for Bioinformatics,讲了非常多生物背景知识(比如各种碱基的单字母缩写),所以对于深厚计算机背景的同学转行到生物界,这是本好书。第二本Perl Programming for Biologists则相反,对于想进入计算机世界的生物同学是个福音,它详尽地解释了超入门级别的perl命令(甚至有其他普通命令介绍比如神马cd 到某某文件夹)。

其次是Bioinformatics Biocomputing and Perl。主打GD::Graph这个模块。个人感觉还不如自己去看官方文档来的更好。这本书讲了比较多在蛋白类方面的应用(如何在PDB文件里数据挖掘/如何整合SWISS-PDB)。
 
接着是Mastering Perl for Bioinformatics。个人感觉像是Bioinformatics Biocomputing and Perl的进阶版,在GD::Graph基础上还介绍了其他高阶应用,比如画限制性内切酶图(虽然这个确实土鳖了点)。

最后是Genomic Perl--Genomic Perl: From Bioinformatics Basics to Working Code。你不能说这是前面的终极版本,因为本质而言这本书不专门叙述数据图形化。生物,与计算机,结合地比较紧密。针对某一个生物事件,会专门叙述一种手段。比如序列比对,会提到本地比对方法以及BLAST,多序列比对,NGS后的reads组装等等。系统性地讲述了perl在各类生物信息分析里的应用。

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