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Puriney's Notes

Puriney=purine+Y, my Wonderland

 
 
 

日志

 
 

【bio】绘制RNA Splicing Isoform map  

2012-02-29 12:50:28|  分类: Bio |  标签: |举报 |字号 订阅

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起因是我看文献中可变剪切绘制的图异常让我看着眼馋,于是很想要也琢磨着绘制一张。当然必须是走代码流,寄希望于如circos那样command-line interface来迅速绘制图谱,这是数据图形化里挺好玩的一件事情。
【bio】绘制RNA Splicing Isoform map - Puriney - Purineys Notes
有几点希望能得到的特点:
1. 纯代码流快速生成,如此可以处理大批数据
2. 可变剪切的折线自动生成
3. 还有破折号类的折线,以表示省略部分intron序列(这是为了整体图片的美观)

我逗了一圈,首先发现了,Wormweb (http://wormweb.org/exonintron),这是基于网络辅助的绘图工具。只能满足我第二点需求,遗憾舍弃。我便跑到Biostar [1] 以及云生物 [2] 里论坛发贴咨询。很快在biostar得到了解答,我总结了网友们的意见,总结如下:
发表水平的图片,最终肯定是用Adobe Illustrator(当然可以用开源免费的inskcape)润色得到的!

虽然我也心底里一开始就这么个结果,得知不少同行的一致口吻,多少不免惋惜。不过网友们还是给出了很多有意思的工具,我这里一并列出:(你可以参考我发的原帖http://biostar.stackexchange.com/questions/17887/data-visualisation-exon-intron-map

这一些都是网络辅助工具,不是纯图形化绘制,也不是纯代码流,介乎二者之间。同时也做不出我需要的省略破折号。但多少却可以满足绘制isoform的图。可以使用。
1. PROSITE My domain: (http://prosite.expasy.org/mydomains) . it seems to draw protein sequence map. 
2. NCBI model maker (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/mapview/modelmaker.cgi?taxid=9606&contig=NT_004610.19&gene=ZNF593) 
3. Annotation Sketch (http://genometools.org/annotationsketch.html). 
4. 【推荐】Wormweb (http://wormweb.org/exonintron).

甚至有大神告知我可以使用latex,latex必须是走代码流了,这很让人欣慰。不过,这功夫实在是太大了。做出的图确实非常标准且优雅,有latex功底的同学不妨可以看看。见一篇paper: Latex Tool for life scientists (http://www.tug.org/pracjourn/2007-4/senthil/senthil.pdf)中的figure4.

结论就是基本上不太现实可以一步到位地绘制出我想要的图。虽然我一开始是这么想着用Bio::Graphics甚至GD::Graph,或者R来绘制,但是都比较困难,或者不值得我这样做。毕竟我只是需要一个RNA Splicing isoform图而已。

见此文的你,若是觉得有什么好方法,或者其他数据图形化的优秀工具,期待你分享于大众。邮箱传递:yanyun@whu.edu.cn

--end &&reference

--话外音 (3月6日补充)
终于在yunbio上得到了回答,回答是:powerpoint也能绘制这样的图,包括破折号。
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