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Puriney's Notes

Puriney=purine+Y, my Wonderland

 
 
 

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Apps collection for synthetic biology  

2012-03-19 14:02:49|  分类: Bio |  标签: |举报 |字号 订阅

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Circuit design and simulation
 Biojadehttp://web.mit.edu/jagoler/www/biojade/
 Tinkercellhttp://www.tinkercell.com/Home
 Asmpartshttp://soft.synth-bio.org/asmparts.html
 ProMoThttp://www.mpimagdeburg.mpg.de/projects/promot
 GenoCADhttp://www.genocad.org/genocad/
 GEChttp://research.microsoft.com/gec
 TABASCOhttp://openwetware.org/wiki/TABASCO#TabascoSimulator
 Hy3Shttp://hysss.sourceforge.net/index.shtml

Circuit optimization
 Genetdeshttp://soft.synth-bio.org/genetdes.html
 RoVerGeNehttp://iasi.bu.edu/?batt/rovergene/rovergene.htm

DNA and RNA design
 Gene Designerhttps://www.dna20.com/index.php?pageID=220
 GeneDesignhttp://www.genedesign.org
 UNAFoldhttp://www.bioinfo.rpi.edu/applications/hybrid/download.php
 mfoldhttp://mfold.bioinfo.rpi.edu/download/
 DINAMelthttp://dinamelt.bioinfo.rpi.edu/
 Vienna RNA packagehttp://www.tbi.univie.ac.at/?ivo/RNA/
 Vienna RNA web servershttp://rna.tbi.univie.ac.at/
 Zinc Finger Toolshttp://www.scripps.edu/mb/barbas/zfdesign/zfdesignhome.php

Protein design
 Rosettahttp://www.rosettacommons.org/main.html
 RAPTORhttp://www.bioinformaticssolutions.com/products/raptor/index.php
 HHpredhttp://toolkit.lmb.uni-muenchen.de/hhpred
 Modelerhttp://salilab.org/modeller/
 PFPhttp://dragon.bio.purdue.edu/pfp/
 Autodock 4.2http://autodock.scripps.edu/
 HEX 5.1http://webloria.loria.fr/?ritchied/hex/

Integrated workflows
 SynBioSShttp://synbioss.sourceforge.net/
 Clothohttp://biocad-server.eecs.berkeley.edu/wiki/index.php/Tools
 Biskithttp://biskit.sf.net

--end &&reference
?Marchisio, M. A., & Stelling, J. (2009). Computational design tools for synthetic biology. Current Opinion in Biotechnology, 20(4), 479-485. 

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