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Puriney's Notes

Puriney=purine+Y, my Wonderland

 
 
 

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【bio】Gbrowse2指南_1 ——安装  

2012-03-30 15:53:33|  分类: Bio |  标签: |举报 |字号 订阅

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Gbrowse(Gbrowse2)是什么,暂不赘述。如果你想拥有一个自己的基因组浏览器的话可以来玩玩(其实个人感觉这个在学网络的人眼里是个很简单到不行的玩意)
#傻瓜式安装
因为Gbrowse与BioPerl有很好的交互,所以你可以完全像安装perl的module一样来安装Gbrowse2。perl如何安装你需要的module你可以参考:【bio】perl--安装模块

sudo perl -MCPAN -e 'install Bio::Graphics::Browser2'

对于Ubuntu 11.04以上的用户而言,这些已经全部在APP源里了,所以直接apt-get就能把所有需要的依赖也好主程序也好都完成安装上。而ubuntu 11.04一下的用户则建议通过上一条命令安装。

sudo apt-get install gbrowse gbrowse-calign gbrowse-data libbio-samtools-perl apache2

#依赖
当然安装之前,请确保以下程序/软件已经安装在服务器中
  • Perl 5.6 或更高
  • MySQL 或者其他相关数据库
  • Apache 网络服务器
  • BioPerl
  • GD
  • CGI
  • CGI::Session
  • DBI
  • DBD
  • Digest::MD5
  • Text::Shellwords
当然因为Gbrowse2的图像功能会借助Bio::Graphics,所以强烈建议你事先把这个module安装上(似乎BioPerl没有默认帮我们装好)

#说明
你也许会参考官方安装指南做。这里提醒的是,基本上现在(2012年了)都是Gbrowse2,所以你安装上的应该也是Gbrowse2而不是Gbrowse。

傻瓜式安装之后,浏览器里打开 http://localhost/gbrowse2 或者将服务器的IP地址替换localhost 即可查看。截图如下:

【bio】Gbrowse2指南_1 ——安装 - Puriney - Purineys Notes

点开一个sample data便可以浏览你的数据了:
【bio】Gbrowse2指南_1 ——安装 - Puriney - Purineys Notes
 
-- end &&reference
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