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Puriney's Notes

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[BIO]STAR 强力RNA-seq比对程序  

2013-05-11 11:30:33|  分类: Bio |  标签: |举报 |字号 订阅

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STAR, 很犀利, ENCODE专属RNA-seq工具. 在准度和时间消耗上, 效果拔群. 因为STAR, 了解一下啥是suffix array. 原来做mapping的, 真的就是ctrl+F的工作... 只是, 这个字符串寻找比较麻烦, 既要容错(insertion/deletion/mismatch), 又要考虑到RNA splicing而导致的genomic gap. 

容错的这个还好, 因为DNA-seq已经打下了夯实基础; 反倒是splicng带来的splicing junction detection问题, 是RNA-seq里专属. 所以在处理DNA-seq和RNA-seq数据做mapping时, 真的不一样. 比如bowtie是unspliced mapper, tophat是spliced mapper, 也难怪bowtie多用于DNA-seq而tophat多用于RNA-seq的mapping步骤. 

STAR 吐槽现有的RNA-seq工具都是DNA-seq工具的延伸, 并非量身打造. 从其算法里的mapping一步来看, 应该属于spliced mapper, 但又不同于把reads打断成k-mer形式. 
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