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Puriney's Notes

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[多巴胺]真正文献管理利器-Mac OS X Mavericks  

2013-06-20 05:49:48|  分类: Bio |  标签: |举报 |字号 订阅

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[多巴胺]真正文献管理利器-Mac OS X Mavericks - Puriney - Purineys Notes
 
这个暑假我果真来了纽约,看完苹果发布会OS X Mavericks,被其Tags功能吸引。

 至少在我眼里,整台电脑俨然就是一个活生生的文献管理软件。Mendeley是我用的最多也是最习惯的文献管理软件,通过它和Papers,ReadCube,JabRef,Endnote的使用,我觉得真正属于自己的管理软件,应该就是我自己。

同步”功能很好,尤其是在各种云服务的时代。不过我觉得Mendeley现有提供“同步”功能并不特别赞——本地实际文件罗列方式并非与Mendeley里自定义罗列方式同步
[多巴胺]真正文献管理利器-Mac OS X Mavericks - Puriney - Purineys Notes
 
同样是自己,能在mendeley精心设计自己的文件夹树,自然时希望本地也是一样的(Dropbox的特点)。实际情况是今天某篇文献存放在了“泷泽罗拉”文件夹内,某天泷泽罗拉改名了,你只能也本地更改文件夹的名字。可在服务器那边你还得亲手更改一遍。如果不更改,Mendeley就会找不到该paper的本地链接(类似windows下的快捷连接和ubuntu下的软链接),链接一断,Mendeley当然不会自动从你的文献库里删除该paper,而是从服务器下载一份到Mendeley的安装文件夹内存储起来从而建立新的本地链接。悲剧就产生了,一份paper,在本地有了重复存储。如果是整个本地文献库更名,恐怕Mendeley就要备份所有了,1M的数据却多花了1M来存储,吃了多少冤枉存储~这个问题在Mendeley也有用户反映

其实Mendeley不同于Dropbox这么做,我猜,是有一定考究的。我很在意我自己精心设计的文件夹树,就好像宇宙套银河系/银河系套太阳系/太阳系里装着太阳和地球。这个树,是文献管理的核心,是我逻辑分类的体现。它在本地可以建立,在Mendeley软件里也可以建立,我更希望可以透过Mendeley实现我另一台电脑的同步建立。Mendeley暂时不支持实现,(我能想到的原因)因为:

同步建立修改文件和文件夹需要对本地数据的修改权限。一个文献管理软件,能够类似于apple的Time Machine一样全局地同步修改我电脑,我似乎不能这么放心赐予你这么大权限。Dropbox做同样的工作时会合理地妥协,创建Dropbox文件夹这个小世界,从大世界里隔离出来,同步修改Dropbox文件夹这篇天空下所有的文件和文件夹。所以我有点建议,既然Mendeley自己有文件池用于解决本地文件链接断开的问题,那么索性就在该文件池内,同步用户的文件和文件夹树。

同步建立修改文件和文件夹会削弱用户对Mendeley的依赖性。即使Mendeley能解决安全性,或者Mendeley采用我的建议,那Mendeley就不再是Mendeley,而是另一个带有pdf高亮添加注释添加标签等功能的Dropbox。

还是那句话,文献文献管理最看重的是文件夹树。有了合理适合自己的文件夹树,才能高效办公。至少我观察我导师没有用任何文献管理软件,纯粹是开文件夹存各类paper。Mendeley既然无法支持树的同步,这个用户精心设计的树就不得不虚拟地构建在了Mendeley里。越深度越重度的用户就更难以离开Mendeley,更难以投奔其他软件。即使有导出功能,可一口气导出的只是全部文献的列表(bibtex)却无法导出你看重的文献树,除非自己一个一个文件夹亲自动手。我曾经因为Mendeley早年500M空间限制,而认真考虑过付费升级(要是能用支付宝我就买了),也考虑过换软件(都觉得重新建立我自己的文献王国太麻烦而放弃)。所以,主动削弱用户依赖性的决定,Mendeley断然是不会采用的,尤其是在加入了赚学术大钱的Elsevier之后。题外话,赚大钱的Elsevier一度众矢之的,毕竟在高校内随便下载文献但学校方可是出了大价钱的。于是不少教授学者不高兴了,学术者投稿还由学术者来买,就好像上午把家具卖出去了下午还得自己买回来一样荒谬,神圣的学术不应该是公开给大众的么? 再一句题外话,正因为Mendeley加入Elsevier之后,免费的空间从500M到了2G。戒掉Mendeley大半年后我当时觉得,我的天又蓝了~~~

不过得益与这大半年的分别,我自己开始在本地电脑里归类文献,建立自己的文献树。也更加清楚了我对文献更改究竟有什么需求,也发现曾经觉得Mendeley提供的友好功能实在是多么的不堪一击。

文献高亮和添加注释。我对pdf的认知还停留在5年前,我只知道Adobe Acrobat可以在pdf上修改。后来抱着“生命不止折腾不休”的态度用着linux当半个码农,始终苦于找不到很好的pdf阅读器。所以能高亮pdf的Mendeley对于当时的我,简直是春天!而现在这两个功能,在瘟都死里早能实现了,diaosi Linux有什么好优越的?换了Mac之后,Preview完全可以。另外Mendeley所谓的高亮,无法导出附有高亮的pdf。这究竟是Mendeley为了方便用户保留原始文献的干净(毕竟你转发文献给同学时不希望也把所有高亮带去)?还是又增加了用户的依赖性(毕竟如果我需要我合作者看我高亮部分)?

Mendeley提供的科学SNS平台。这点胜过任何一个文献管理软件。坦白说,建立“文献-文献讨论”的生态圈的想法很好,能够建立起来也很勇敢。只是,真正有多少学术讨论会发生在Mendeley里?自己需要的深刻的学术讨论在实验室组会应该可以获得了吧,自己的导师还不够?需要联系文献作者,就直接邮件甚至在Linkedin里找就好了吧。

搜索文献。这点在诸多软件里都是软肋。即使能借助PubMed集成Google学术搜索,但搜到了那又如何?不能下载的还是不能下载,无法下载意味着不能阅读,不能阅读的文献意味着你没看过,没看过就不能引入到自己的论文里,那这样的无用货留在文献库里有何用?自欺欺人?我想,搜索功能主要是提供了类似Endnote综合文献的作用,比如在写论文插入文献时。不过这种功能免费的JabRef也有,何须去付费升级Mendeley呢?

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添加Tag。这个不得不承认是文献管理甚至各种文案管理的重要工具,比如Gmail里你必须会用的标签功能。我没法自己来管理文献,也正是因为Tag功能我自己无法实现。如分类电影一样,一般按地域分,《星际迷航》属于欧美,《雷锋的故事》属于大陆,但我想都会给他们贴上科幻片的标签。该标签功能绝不时Mendeley可以用来标榜自己的独特性能,readcube等都可以。一旦我的电脑可以帮我完成,我何须去下载一个软件呢?现在我唯一担心的是,这个tags上限是多少?能否有类似Evernote笔记那样的方便的tag搜索?但愿相信Mac的设计。
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回到本文主旨,Mac OS X Mavericks系统的新功能:Tags(我想本质还是来源于苹果系统的Finder吧)。就能给所有文献添加诸如HMM, PCA, SVD的标签。我的设想里:
Mavericks + Dropbox + 我自己 = 我自己的文献管理系统
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